かなり強引な方法です。

正規表現を使えば、もう少し安全になるかと思いますが、気にしない人向けです。

ダメだったら、その部分だけ手作業で直せばいいやと考えることが出来る心の広い人向けです。

function.php に、フィルターを追加します。

使っているテンプレートを見てください。

殆どの場合は、

the_content

を使って、コンテント（本文）を表示していると思います。フィルタを噛ませて、文字列を置換します。

function the_content_replace($text){

	$str1 = '<ruby><rb><rp>(</rp>';
	$str2 = '<rt>';
	$str3 = '</rt><rp>)</rp></ruby>';
 
	$replace = array(
		'[[rb:'	=>	$str1 ,
		' > '	=>	$str2 ,
		']]'	=>	$str3
	);
	$text = str_replace(array_keys($replace), $replace, $text);
	//
	return $text;
}
add_filter('the_content', 'the_content_replace');

これだけでうまくいくはずです。